Главный герой аниме — Рей, юный изобретатель из Великобритании, живущий в середине 19 века. Перед началом первой в истории Великой выставки он получает от своего деда Ллойда из США устройство под названием «Паросфера». Это изобретение обладает скрытой мощью, которая может быть применена в оружейных технологиях и для манипулирования властью. Консорциум О'Хара узнаёт о существовании устройства и отправляет людей для его перехвата. Рей не хочет, чтобы технологии использовались во вред, но его
Действие происходит в альтернативной реальности, где после Второй мировой войны Япония была разделена на две части. Хоккайдо перешел под контроль Союза, а Хонсю и южные острова оказались под управлением США. На Хоккайдо после войны построили таинственную башню, видимую из Аомори — самой северной префектуры Хонсю. Летом 1996 года трое одноклассников — Саюри Саватари, Хироки Фудзисава и Такуя Сиракава — договариваются построить самолет «Белла Сьелла» и долететь до башни, чтобы узнать ее секрет.
Спустя два года после завершения войны между EAF и Координаторами установилось временное равновесие. Это положение не устраивает обе стороны конфликта. Группа Координаторов решает возобновить боевые действия и направляет колонию Юниус 7 к Земле. Планируется, что падение колонии уничтожит большую часть населения планеты. Силы ZAFT взрывают колонию, однако её осколки наносят значительный ущерб поверхности Земли. В результате конфликт возобновляется с новой интенсивностью. Главные герои вынуждены