Юкинари, мальчик, встречает в лесу покемона Селеби, который спасается от охотника. Селеби, используя свои силы, переносит их обоих на сорок лет вперед во времени. Юкинари оказывается в незнакомом будущем, где его находят Сатоши, Касуми и Такэши. Они выясняют обстоятельства произошедшего и решают помочь Юкинари добраться до целебного озера, чтобы восстановить здоровье пострадавшего покемона. Во время пути на группу нападает член команды «R», известный как Мародёр в железной маске. Его цель -