Эдогава Конан, Мори Ран, Мори Когоро и Судзуки Соноко входят в число гостей, приглашённых на презентацию новой виртуальной игры. В ходе мероприятия происходит убийство, обстоятельства которого остаются невыясненными. Конан начинает расследование, чтобы установить личность преступника. Убийство совершено в условиях, где события игры и реальности пересекаются. Расследование охватывает как реальный мир, так и виртуальное пространство игры. От исхода этого дела зависит безопасность сорока девяти
Вишнёвая косточка случайно попадает в организм скупого человека, который пожалел её выбросить. Косточка прорастает в его голове, образуя полноценное растение. Это приводит к физическим неудобствам и изменениям в поведении персонажа. Росток вишни становится источником множества проблем, с которыми герою приходится сталкиваться в повседневной жизни. По мере развития событий персонаж пытается найти способ избавиться от растения, но его попытки лишь усугубляют ситуацию. Вишня продолжает расти,
Юдзи Кайдо страдает от необычной болезни. Для поиска лекарства его помещают в искусственную кому. Пробуждение происходит спустя двадцать лет. За это время мир изменился — его захватили существа, называемые «синие». Юдзи обнаруживает, что Земля находится под контролем этих созданий. Юдзи принимает решение присоединиться к группе солдат, ведущих борьбу против «синих». Целью становится уничтожение этих существ и восстановление контроля над планетой. Дальнейшие события разворачиваются вокруг