Синко с вихром и тысячелетняя магия

События разворачиваются в 1955 году в небольшом городе Хофу, расположенном среди рисовых полей. Тысячу лет назад на этой территории находилась древняя столица Суо-но-Куни. Главная героиня, Синко Аоки, учится в третьем классе начальной школы. Она родилась и выросла в одной из уважаемых семей города. Синко отличается активным поведением и выступает лидером среди местных детей. Её окружает множество загадочных явлений и объектов, которые привлекают её внимание.

В класс Синко переводится новая ученица из Токио по имени Киико Симацу. Переезд из крупного города в тихую провинцию вызывает у девочки дискомфорт. Местные дети относятся к ней с некоторой настороженностью. Несмотря на это, Синко и Киико сближаются и начинают проводить всё свободное время вместе. В ходе одной из прогулок девочки обнаруживают исследовательскую группу, проводящую раскопки древнего здания. Выясняется, что это был дом губернатора, где жила его дочь, примерно одного возраста с Синко и Киико. Это открытие побуждает героинь задуматься о том, какой была эта девочка и можно ли с ней встретиться.