Дневник будущего: Повторный набор

События разворачиваются после завершения оригинального сериала. Главные герои, хранители дневников, возвращаются в сюжете. Деус, божественное существо, до сих пор не определился с кандидатом на роль нового бога, при этом сроки для выбора истекают. Юно Гасай из третьего мира начинает видеть воспоминания своей версии из первого мира. Она испытывает чувство утраты чего-то важного, но не может вспомнить, что именно потеряла. Это состояние вызывает у неё беспокойство.

Параллельно с этим развивается ситуация, связанная с её воспоминаниями. Если Юно восстановит их, это может привести к началу новой игры или к завершению всего цикла. Исход зависит от того, сможет ли она справиться с возвращением памяти и каким будет её решение. Концовка определяется действиями персонажей в этих условиях.