Человечество потеряло большую часть суши из-за глобального потепления в первой половине XXI века, после чего в водах всех стран внезапно появляется «Туманный флот», вооруженный супер-оружием. Не имея возможности противостоять этому флоту, человечество было побеждено и больше не могло путешествовать по морям. Семнадцать лет минуло после той разрушительной морской войны. [character=45681]Гунзо Чихая[/character] и его друзья смогли захватить и реквизировать подводную лодку входящую в состав
Освободившись от своих обязанностей с 501-ым секретным отделом, Мотоко Кусанаги [草薙 素子] теперь должна выполнять приказы Дайсукэ Арамаки [荒巻 大輔]. Кто-то взломал искусственный интеллект Логикомы [ロジコマ] и Бато [バトー] начинает собирать команду. Он заручается поддержкой бывшего армейского офицера разведки Исикавы [イシカワ] и специалиста по взрывчатке и подрывному делу Бомы [ボーマ]. Кусанаги также стремится привлечь к этому расследованию снайпера Сайто [サイト] и тайного агента Падзу [パズ]. Девятый отдел
События в этой истории происходят в Японии в начале лета 2015 года. 180 000 человек живут в городе Татикава, «втором мегаполисе» района Токио. В их числе гатчамены — воины, которые сражаются в специальных костюмах, усиленных NOTE, особой духовной силой живых существ. Только эти воины, хотя их сила до конца и не изучена, способны защитить Землю от инопланетных врагов. В последнее время они вынуждены сражаться с таинственной сущностью, известной как MESS.
Организация Щ.И.Т. заключает Карателя [フランク・キャッスル / パニッシャー] под стражу после вмешательства в ход сверхсекретной миссии. Директор организации Ник Фьюри [ニック・フューリー長官] поручает Карателю и Чёрной Вдове [ナターシャ・ロマノフ / ブラック・ウィドー] совместную миссию. Их задача — остановить «Левиафана», международную террористическую организацию, планирующую продать украденные у Щ.И.Т.-а технологии. Блюститель справедливости и шпионка объединятся, чтобы предотвратить попадание высоких технологий не в те руки: ведь на