Конфликт разворачивается между двумя мирами — Синим миром, олицетворяющим разум, и Красным миром, символизирующим инстинкт. Существа из Красного мира, известные как Ночная бабочка О'Нот, систематически атакуют Синий мир. Главный герой, 17-летняя Акира Асаги, работает исследователем в Синего мира. Её назначают руководителем военных действий в лагуне Рюукюу — оборонительном сооружении, расположенном на островах Исигаки и Ириомотэ. Акира знакомится с шестым боевым подразделением