Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После гибели близкого друга Синдзи Икари впадает в эмоциональное оцепенение. Его отец, Гэндо Икари, возглавляющий организацию NERV, продолжает реализацию собственного плана, стремясь опередить теневую структуру SEELE. Цель SEELE заключается в создании богоподобного существа путем слияния собственных душ с Евангелионом. Гэндо же намерен обратить все человечество в единое первобытное существо, чтобы воссоединиться со своей покойной женой Юи.

SEELE начинает вооруженное вторжение в штаб-квартиру NERV, задействовав военные силы. Аска Лэнгли Сорью на Евангелионе-02 предпринимает попытку сдержать тяжелое вооружение SEELE, пока солдаты противника уничтожают научный персонал и охрану NERV. Синдзи в подавленном состоянии прячется в глубине штаб-квартиры. Капитан Мисато Кацураги разыскивает подростка, в то время как общество вокруг них разрушается. От действий Синдзи зависит судьба мира.