Аркадия моей юности: Бесконечный путь SSX

События разворачиваются после поражения Земли в войне против империи Иллюмидус, которая порабощает и уничтожает обитаемые планеты. Планета полностью перешла под контроль инопланетных захватчиков. Капитан Харлок и его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с Земли. Империя Иллюмидус продолжает преследование, объявив в розыск Харлока, Тотиро и Эмеральду под кодовыми номерами S-00999, S-00998 и X-00001 соответственно.

Главные герои вынуждены сражаться не только против сил Иллюмидус, но и против множества людей, желающих получить вознаграждение за головы разыскиваемых преступников. Несмотря на потерю поддержки со стороны населения Земли, Харлок и его команда продолжают свой путь, оставаясь единственными защитниками планеты. Их дальнейшие действия и возможное сопротивление оккупации составляют основную интригу повествования.