Главный герой, мальчик по имени Хаято, становится пилотом Шинкалиона - робота, трансформирующегося в скоростной поезд. Эта техника была разработана Агентством по суперэволюционному развитию железных дорог для противодействия врагу, получившему название Unknown. Хаято вместе с другими пилотами защищает железнодорожные пути и пассажиров от атак противника. Каждый Шинкалион обладает уникальными характеристиками, соответствующими разным типам поездов. В процессе сражений Хаято и его команда