Сюжет второго сезона продолжается непосредственно с событий первого. Лаборатория и ферментационный погреб профессора Кэйдзо Ицуки находятся в рабочем состоянии. Главный герой, Саваки Тадаясу, обладает способностью видеть микробов и вступать с ними в контакт. Эта способность позволяет ему контролировать процессы ферментации, которые происходят в лаборатории. Группа студентов под руководством профессора Ицуки приступает к переработке традиционных японских продуктов, включая соевый соус и сакэ. В

Хотаро Орэки - старшеклассник, который придерживается принципа минимизации усилий: он избегает лишней деятельности и выполняет только необходимые задачи. По просьбе старшей сестры он вступает в клуб классической литературы, который находится под угрозой закрытия из-за недостатка участников. В клубе он знакомится с Эру Читандой, девушкой, отличающейся ярко выраженным любопытством и склонностью задавать вопросы. Позже к ним присоединяется Сатоши Фукубэ, одноклассник Хотаро, обладающий хорошей

Такао Акидзуки — старшеклассник, который увлекается дизайном обуви. Он часто пропускает занятия, чтобы рисовать эскизы в традиционном японском саду. Во время сильного ливня он встречает Юкари Юкино — женщину старше его по возрасту, которая находится в том же саду. После этой случайной встречи они начинают периодически сталкиваться, но только в дождливую погоду. Их общение развивается постепенно: от коротких разговоров к более личным темам. По мере того как сезон дождей продолжается, Такао и

Прошёл год с момента исчезновения Сиро, Серебряного Короля. Куро Ятогами и Неко продолжают поиски, но безрезультатно. В ходе расследования они сталкиваются с Рикио Камамото и Анной Кушиной, бывшими членами распущенной Красной Клановой HOMRA. Зелёный Клан преследует Анну, стремясь использовать её способности в своих целях. Члены Scepter 4 объединяются с Куро и Неко, чтобы спасти Анну, единственную девушку в разрушенном Красном Клане. Операция также направлена на поиск Сиро с помощью её сил. В