Противостояние между миром магии и Академией Сити усиливается. Тома Камидзё, обладающий способностью отрицать любые сверхъестественные силы, вынужден вступать в конфликты как с экстрасенсами, так и с магами. Его цель - защитить окружающих людей. В этом ему помогают как старые, так и новые союзники, которые присоединяются к борьбе. Некоторые персонажи действуют самостоятельно, другие - под руководством Томы. Сюжет второго сезона "Toaru Majutsu no Index II" разворачивается на фоне

Старшеклассник Таро Садо скрывает от окружающих свою склонность к мазохизму. Его лучший друг Тацукити Хаяма, который часто переодевается в женскую одежду, советует Таро обратиться за помощью во Второй добровольный клуб. Таро присоединяется к клубу после того, как его участники обещают "исправить" его проблему. Выясняется, что все члены клуба имеют собственные психологические трудности. Лидер клуба Мио Исуруги считает себя богиней и боится кошек. Арасико Юно страдает от тяжелой

Томоки Сакурай постепенно привыкает к жизни с двумя ангелоидами - Икар и Нимфой. Несмотря на это, главный герой продолжает видеть необычные сны и обращается за помощью к друзьям, чтобы разобраться в их природе. Нимфа использует устройство, которое позволяет людям проникать в чужие сновидения, но не действует на ангелоидов. Первоначально устройство не срабатывает, однако позже группа все же попадает в сон Томоки. Выясняется, что с этим сном связаны определенные аномалии, требующие выяснения.

Главный герой, шестнадцатилетний ученик старшей школы Сота Таканаси, устраивается на подработку в семейный ресторан «Вагнария», расположенный на острове Хоккайдо. В этом заведении он сталкивается с необычным коллективом сотрудников. Среди них — манипулятивный Хироми Сома, старшеклассница Поплар Танэсима, которая внешне и по поведению напоминает ребёнка, а также Ятиё Тодороки, загадочная девушка, постоянно носящая с собой фамильную катану. Отдельного внимания заслуживает Махиру Инами, страдающая