Сюжет аниме разделяется на две линии. В первой Гинтоки с союзниками пытается освободить Эдо от Армии освобождения. Во второй линии Котаро и Тацума совместно с союзниками стремятся объединить силы с Шиджаку и Принцем Хатой. К этим событиям присоединяются другие персонажи, знакомые зрителю по предыдущим эпизодам. Действия героев осложняются рядом трудностей и испытаний. Исход противостояния определяет судьбу планеты. Данное произведение представляет собой вторую часть экранизации арки «Серебряная