События разворачиваются в 0088 году Вселенского Века. После завершения войны ГРИПС Хаман Карн и остатки армии Зиона обосновались на астероиде Аксис. Они провозгласили себя Нео-Зионом и начали подготовку к восстановлению империи Заби. Земная Федерация ослаблена предыдущими конфликтами и не способна оказать значимого сопротивления. Противостоять Нео-Зиону может только Анти-Земная Объединённая Группа, которая также понесла серьёзные потери в прошлой войне. Экипаж корабля «Агама» ищет

В 1999 году команда ученых ООН проводила исследования на необитаемом острове Сансара с целью получения нового энергетического ресурса. В ходе работ произошло непреднамеренное открытие портала в другую вселенную, что привело к высвобождению биомеханических сущностей, находившихся в состоянии покоя. Инцидент остался без объяснения, и остров был закрыт для посещений. Через три года Такуя Гороза получает просьбу от своей знакомой по колледжу Харуки Харука Альфорд и возвращается на Сансару. Прибыв

Утопия Мор находит древнюю летопись, содержащую информацию о происхождении Вселенной. Эта находка привлекает внимание Джипси Док, члена Гильдии пиратов, который стремится завладеть артефактом. Утопия попадает в опасную ситуацию, но её спасает космический пират по имени Кобра. Он известен использованием психического оружия, созданного по индивидуальному заказу, что делает его серьёзным противником. Кобра и Утопия объединяются, чтобы противостоять Джипси Док и его союзнику, Кристальному Мальчику,

События разворачиваются в Сибуе, Япония, в 2008 году. Главный герой Такуми Нисидзё - ученик средней школы, который увлекается аниме и компьютерными играми. Он проводит время в вымышленном мире, где его интересует только героиня любимого аниме по имени Сэйра. Реальная жизнь его не привлекает, поэтому новости о серии убийств, известных как "Нью Ген", которые происходят в Сибуе, он игнорирует. Однако тема "Нью Ген" активно обсуждается не только в городе, но и в интернете.

Сюжет дополнительных серий строится вокруг поездки членов Второго отдела на Сицилию. Причиной визита становится выполнение служебного задания, связанного с деятельностью местных структур. Девушки прибывают на остров, который внешне выглядит как обычное туристическое место, однако в ходе расследования они обнаруживают следы незаконных операций. Постепенно выясняется, что Сицилия является узлом, соединяющим несколько криминальных группировок, действующих в регионе. Второй отдел сталкивается с

В нескольких деревнях начинают пропадать ниндзя с модифицированным геномом. Расследование указывает на Страну Огня как возможный источник угрозы. Цунадэ, возглавляющая Коноху, отдает приказ Какаши предотвратить назревающий конфликт. Какаши решает пожертвовать собой, чтобы остановить эскалацию, и оставляет свои специальные колокольчики у Наруто. Наруто находит колокольчики и вспоминает первый урок своего сэнсэя. Это воспоминание подталкивает его к действиям, направленным на возвращение