Сценарий третьего сезона аниме написан автором манги Хатой Кэндзиро. Сюжет не связан с предыдущими сезонами. Основное внимание уделено дворецкому Аясаки Хаятэ, его хозяйке Наги и другим персонажам. В новом сезоне больше экранного времени отведено Наги и Марии. События разворачиваются вокруг их повседневной жизни и взаимодействия с Хаятэ. Конкретные детали сюжета не раскрываются, но известно, что он представляет собой отдельную историю, не продолжающую предыдущие.

Третий фильм аниме-сериала «Девочка-волшебница Мадока Магика» не является пересказом событий предыдущих серий, в отличие от первых двух частей тетралогии. После того, как Мадока Канамэ перестроила Вселенную, Хомура Акэми живёт в мире, где ведьмы больше не рождаются. Однако отчаяние людей продолжает проявляться в существах, известных как призраки. Девочки-волшебницы сражаются с этими существами. Хомура продолжает бороться с чувством одиночества после расставания с Мадокой. В фильме появляется

Сюжет разворачивается в мире, где национальные границы постепенно стираются, а частные армии корпораций угрожают глобальной стабильности. В вымышленном государстве Курю Курю обнаружено оружие, способное изменить баланс сил в пользу владельца. Этим оружием является Genocyber - гибрид кибернетических технологий и психических способностей. Различные группировки стремятся получить контроль над Genocyber, однако существо обладает мощной ненавистью, которая препятствует его использованию.

Корпорация проводит исследования на лунной колонии. Объект изучения - женщина, находящаяся в состоянии длительного сна. Предположительный возраст существа составляет несколько тысяч лет. Сотрудники корпорации анализируют потенциальные риски и приходят к выводу, что Спящая может представлять угрозу для Земли. На Луну прибывает группа наёмников. Один из членов команды ранее испытывал чувства к клону Спящей. Этот клон был отправлен на Землю, где погиб. Цели прибывшей группы и их связь с