После Четвертого удара Синдзи, Аска и Рей остаются без своих Евангелионов. Они находят убежище в одном из немногих сохранившихся поселений на разрушенной Земле. В этом месте каждый из бывших пилотов ведет жизнь, отличающуюся от их прежнего опыта управления Евангелионами. Персонажи сталкиваются с повседневными заботами и необходимостью адаптироваться к новым условиям существования. Опасность для мира сохраняется. Наступает момент нового Удара, который может стать окончательным завершением

В день выпускного Маи Сакурадзимы Сакута Адзусагава ожидает её появления. В этот момент перед ним возникает ученица начальной школы, внешне идентичная Маи в детском возрасте. При появлении взрослой Маи девочка бесследно исчезает. После исчезновения девочки на теле Сакуты остаётся шрам. Это повреждение служит указанием на то, что «подростковый синдром» снова оказывает влияние на его жизнь. Дальнейшее развитие событий связано с последствиями этого явления.

Каэдэ Адзусагава завершила обучение в средней школе. Она планирует поступать в старшую школу Минегахара, где учится её брат Сакута. Для неё это возможность начать обычную школьную жизнь, которой у неё не было из-за длительного периода затворничества. Школьный консультант рекомендует Каэдэ выбрать дистанционное обучение как более безопасный вариант. Каэдэ принимает решение бороться за поступление в обычную школу. Она готовится к вступительным экзаменам вместе с братом, Маи и её сестрой Нодокой.