После применения ядерного и биологического оружия через несколько столетий после XX века экосистема Земли была разрушена. Большая часть поверхности планеты загрязнена и превращена в руины, большинство видов растений и животных вымерли. Мир приближается к шестому массовому вымиранию, называемому "Большой шестеркой". Человечество построило небесные города, куда переселило исчезающие виды флоры и фауны. В этих изолированных поселениях животные эволюционировали на протяжении длительного

Главная героиня, девочка по имени Такада, переезжает из города в сельскую местность из-за работы отца. Она переводится в местную школу, где одноклассники встречают её настороженно. Причиной этого становится сходство Такады с Матасабуро — местным духом или божеством, которое, согласно поверьям, появляется в начале сезона тайфунов. Несмотря на то что Такада является девочкой, окружающие принимают её за этого персонажа. Жизнь в деревне вызывает у неё неприязнь, и она стремится вернуться в город.

Третьеклассница Химэно переезжает в большой особняк, расположенный в провинции. После переезда она выясняет, что это здание служит домом для группы ниндзя. Три ниндзя - Акамаки (красный), Аомаки (синий) и Кииромаки (жёлтый) - ошибочно принимают Химэно за принцессу. Они начинают помогать девочке решать различные проблемы, используя свои особые способности. Каждый из ниндзя обладает индивидуальными навыками, которые применяются в зависимости от ситуации. Помимо индивидуальных способностей, ниндзя

Айко проживает в святилище, где находится раздвижная дверь с незавершённой росписью. Девочка намеревается закончить рисунок, когда повзрослеет. К моменту достижения 17 лет у Айко не остаётся времени на подобные размышления. Перед святилищем появляется незнакомый человек. Дед Айко, выполняющий обязанности главного священника, предлагает гостю остаться в храме, но девушка выступает против этого решения. Несмотря на первоначальное сопротивление, Айко замечает, что прибывший молодой человек не