Сюжет аниме-сериала «Полифоника» разворачивается на континенте Полифоника, где люди и духи существуют совместно. Связь между ними поддерживается через божественную музыку, которую способны исполнять музыканты, называемые дэнтистами. История сосредоточена на студенческих годах Форона Татары, который обучается в Академии Божественной Музыки. В этот период Форон и Кортикарте начинают осваивать взаимодействие друг с другом и учиться взаимопониманию. В этом мире присутствует угроза в виде

В преступном мире Америки происходит серия убийств глав мафиозных кланов. За этими преступлениями стоит организация «Инферно», которая использует киллера по имени Фантом, не знающего поражений. Японский турист, путешествующий по США, случайно становится свидетелем одного из таких убийств. Пытаясь скрыться, он прячется в уединённом здании, где его находят девушка Айн и лидер «Инферно» Мастер Сайт. После этого туристу стирают воспоминания. Получив новое имя Цвай, бывший турист становится

Второй сезон аниме продолжает историю с момента, на котором завершился первый сезон. Сюжетная линия следует за событиями, произошедшими после двадцать пятого эпизода. Повествование в этом сезоне более точно соответствует оригинальной манге. Главный герой Хаятэ продолжает работать боевым дворецким. Персонажи Хинагику и Аюму получают больше экранного времени по мере развития сюжетной линии, связанной с их взаимоотношениями с Хаятэ. Наги также проявляет интерес к развитию своих отношений с Хаятэ.