События происходят в 0096 году Вселенского века, через три года после конфликта, описанного в «Мобильный воин Гандам: Ответный удар Чара», и за 27 лет до начала «Мобильный воин Гандам Эф-91». Главный герой, Банаджер Линкс, является студентом Академии Анахайм. Он оказывается вовлеченным в противостояние между Земной Федерацией и террористической группировкой The Sleeved. Причиной конфликта становится «Ящик Лапласа» - объект, который, предположительно, может кардинально изменить направление

Акуто Сай, сирота, воспитанный в церковном приюте, поступает в Академию магии «Константа». Его цель - достичь мира во всём мире и занять пост первосвященника. Однако оракул, предсказывающий будущее учеников, выдаёт иной прогноз: Сай станет князем тьмы. Сам герой не принимает это предсказание, но оракул ещё ни разу не ошибался. Новый титул привлекает внимание окружающих. Одноклассницы и андроиды, запрограммированные на соблазнение, проявляют к Саю интерес. Герою предстоит справляться с этим

Коу Ичиномия - сын состоятельного бизнесмена, который убежден в своем высоком социальном статусе. Он стремится избегать любых долгов перед другими людьми. Однажды, после столкновения с озорными детьми на мосту Аракава, он падает в реку под мостом. Прохожая спасает его, и теперь Коу оказывается в долгу перед ней. Коу настаивает на том, чтобы отплатить спасительнице, но это оказывается невыгодным для него. Незнакомка, которую зовут Нино, - спокойная бездомная девушка в спортивном костюме, живущая