Сюжет истории разворачивается после окончания турнира «Священный Путь», что проходил в предыдущей части аниме. Тэнма [Tenma Matsukaze] возвращается в среднюю школу Раймон, но это уже не та школа, что он знал, а все участники команды больше не играют в футбол. Когда же Тэнма встречает Альфу [Alpha], капитана команды «Протокол Омега», он понимает, что находится в параллельном мире, где Альфа — участник секретного проекта по уничтожению футбола в будущем. Чтобы помочь Тэнме в его приключениях,

Действие разворачивается в 2199 году, когда инопланетная раса уничтожает жизнь на Земле, а все уцелевшие люди вынуждены спуститься под землю. Но радиация добралась и под землю, и жить там стало практически невозможно. По подсчётам учёных, люди с трудом протянут максимум год. Вступить в открытую схватку с врагом земляне не способны, так как по боевой мощи в несколько раз уступают агрессорам. Но ходят слухи, что есть один корабль, который может противостоять инопланетным захватчикам.

Раннее лето 1966 года. Из-за затяжных командировок отца-моряка Каору Нисими [西見薫] переезжает к родственникам на Кюсю и переходит в очередную новую школу. Прежде жизнь Каору была скучна и однообразна, он был образцовым учеником, но знакомство со взбалмошным одноклассником, местным хулиганом Сэнтаро [川渕 千太郎], меняет его жизнь — начинает меняться и он сам. Благодаря этой встрече Каору приобщается к джазу, а также впервые у него появляется человек, которого он мог бы назвать другом. Каору узнает,

Знакомьтесь, Коко Хекматьяр [ココ・ヘクマティアル]. Она — торговец оружием, неофициальный представитель оружейной империи HCLI во многих странах мира. Тайно осуществляет сделки, избегает властей и местных правоохранительных органов. Большая часть её работы всегда была и будет вне закона согласно международному праву. Коко путешествует с наёмными телохранителями — в основном бывшими военными-ветеранами. Её последним пополнением в команде становится Йона [ジョナサン・マル（ヨナ）] — неразговорчивый мальчишка, но

Многие люди становятся приверженцами новой подозрительной религии. [character=1044]Арсен Люпен III[/character] проникает в группу религиозных фанатиков с целью украсть сокровища её лидера. Там он замечает красивую, завораживающую женщину, соблазняющую лидера секты. Это история о том, как величайший вор своего поколения [character=1044 арсен-люпен-iii] впервые встречает обаятельную воровку [character=1047 фудзико-минэ]. [i]Сериал приурочен к 40-летию франшизы.[/i]