Сюжет разворачивается вокруг трёх персонажей: Николая, который является наполовину киборгом; Галори Черровика, мальчика с частично человеческим и частично гребневым происхождением; и Алтеи, полностью принадлежащей к расе гребней. Земля и народ гребней находятся в состоянии войны на протяжении 300 лет, что сохраняет взаимную враждебность между сторонами. Это конфликтное наследие формирует основу для событий, происходящих в истории. Корабль, на котором находятся Галори, Николай и другие члены

Гоэмон, член команды, вступает в брак с наследницей самурайского клана Мурасаки. Церемонию прерывает нападение клана ниндзя Фума, которые похищают невесту. Похитители планируют обменять её на реликвию клана - вазу, указывающую путь к древнему сокровищу. Люпен, Дайсукэ, Фудзико и Гоэмон объединяются для совместных действий. Их цель - спасти невесту и найти сокровище раньше клана Фума. Команда сталкивается с препятствиями, связанными с поисками вазы и противостоянием с ниндзя, что определяет ход

В 1999 году команда ученых ООН проводила исследования на необитаемом острове Сансара с целью получения нового энергетического ресурса. В ходе работ произошло непреднамеренное открытие портала в другую вселенную, что привело к высвобождению биомеханических сущностей, находившихся в состоянии покоя. Инцидент остался без объяснения, и остров был закрыт для посещений. Через три года Такуя Гороза получает просьбу от своей знакомой по колледжу Харуки Харука Альфорд и возвращается на Сансару. Прибыв