После гибели близкого друга Синдзи Икари впадает в эмоциональное оцепенение. Его отец, Гэндо Икари, возглавляющий организацию NERV, продолжает реализацию собственного плана, стремясь опередить теневую структуру SEELE. Цель SEELE заключается в создании богоподобного существа путем слияния собственных душ с Евангелионом. Гэндо же намерен обратить все человечество в единое первобытное существо, чтобы воссоединиться со своей покойной женой Юи. SEELE начинает вооруженное вторжение в штаб-квартиру