Сюжет второго сезона продолжается непосредственно с событий первого. Лаборатория и ферментационный погреб профессора Кэйдзо Ицуки находятся в рабочем состоянии. Главный герой, Саваки Тадаясу, обладает способностью видеть микробов и вступать с ними в контакт. Эта способность позволяет ему контролировать процессы ферментации, которые происходят в лаборатории. Группа студентов под руководством профессора Ицуки приступает к переработке традиционных японских продуктов, включая соевый соус и сакэ. В

В Академии Кисараги идет подготовка к фестивалю. Ученица Маю Сузумото узнает, что после фестиваля ее переводят в другую школу. Группа школьников, не желая расставаться с Маю, решает провести обряд, который должен скрепить их дружбу навечно. Школьники приступают к выполнению ритуала, не имея полного представления о его последствиях. Обряд запускает цепочку событий, которые меняют привычный уклад жизни в академии. Участники церемонии сталкиваются с непредвиденными результатами своего решения.

Сюжет разворачивается в Японии периода Эдо. Основное внимание уделяется деятельности специальных пожарных команд, которые борются с крупными возгораниями в густонаселенных деревянных кварталах городов. Показаны методы тушения, характерные для того времени, включая использование ручных насосов, багров и разборку соседних строений для создания противопожарных разрывов. Персонажи представлены как члены одной из таких команд, их действия направлены на локализацию и ликвидацию огня, угрожающего

Персонажи Доун и Атхас обнаруживают спящего мальчика по имени Пандора. После пробуждения Пандора страдает от амнезии. Когда он прибывает в город Фривил, на него начинает охоту организация под названием "Группа древних охотников". Эта группа требует от Пандоры выполнить некое задание, именуемое "Великая миссия". Джин и его друзья оказывают сопротивление "Группе древних охотников" и временно отбивают их нападение. При поддержке Джина и его окружения Пандора