Z/X: Код воссоединения

После продолжительного военного конфликта между человечеством и зексами — существами из пяти параллельных миров — устанавливается временное перемирие. Судьба миров оказывается в руках Адзуми Кагамихары, болезненной девочки, и её партнёра Ригеля, хладнокровного зекса из Голубого Мира. Адзуми предстоит обучение в Академии Фудзимисаки, специализированном учебном заведении, созданном для подготовки пар, состоящих из человека и зекса. После поступления Адзуми знакомится с другими ученицами, и вместе они начинают проходить интенсивные тренировки.

Основное внимание в сюжете уделяется процессу обучения и взаимодействию персонажей в рамках академии. Адзуми и её партнёр Ригель должны научиться работать вместе, несмотря на различия в происхождении и характерах. Учебная программа включает как физические упражнения, так и теоретические занятия, направленные на развитие навыков сотрудничества между людьми и зексами. Дальнейшее развитие событий зависит от того, насколько успешно Адзуми и её товарищи смогут освоить необходимые навыки и подготовиться к возможным конфликтам, угрожающим хрупкому миру.