Ханако, призрак с внеклассными историями

В академии Камоме существует легенда о семи школьных тайнах, одной из которых является призрак Ханако-кун. У этого сверхъестественного существа появилась помощница - ученица первого курса средней школы Нэнэ Ясиро. Ханако и Ясиро занимаются расследованием различных паранормальных явлений, происходящих на территории учебного заведения. Их основная задача заключается в поддержании равновесия между миром людей и сверхъестественными сущностями, населяющими школу.

В периоды, когда герои не заняты расследованием тайн, они проводят время в обычных школьных делах. Ясиро общается с одноклассниками и участвует в повседневных мероприятиях. Ханако, будучи невидимым для большинства людей, сопровождает её и иногда вмешивается в происходящее. В школе обитают и другие призрачные существа, которых обычные ученики не замечают, но которые становятся частью жизни главных героев.