Риддл потерял друзей и мир из-за организации "Шкатулка злобы". Оказавшись в безвыходной ситуации, он получил возможность вернуться в прошлое, когда события ещё не произошли. Спустя тысячу лет Риддл, изменившийся под влиянием времени, сумел обратить время вспять. Его цель - предотвратить действия организации. Главный герой перемещается в прошлое, сохранив знания и опыт, накопленные за тысячелетие. В молодом теле он начинает действовать, используя полученную информацию. Риддл намерен

Каори Фудзимия — старшеклассница, которая держится обособленно от других учеников. Её одноклассник Юки Хасэ решает установить с ней контакт и начинает каждый день обедать с ней на крыше школы. Каори не проявляет желания сближаться ни с ним, ни с кем-либо ещё. Причина такого поведения заключается в том, что каждую неделю, по понедельникам, её память полностью обнуляется — все счастливые воспоминания, включая те, что связаны с друзьями, исчезают. Узнав об этой особенности, Юки не прекращает

Со временем вещи становятся обыденными и скучными. И тогда человек забывает о том, что в жизни является на самом деле значимым и важным. Очень часто мы не осознаём, чем выступает истинная любовь близких и родных людей. И осознание это зачастую приходит к нам лишь в трагический момент, когда мы навсегда теряем того, кто всё это время шёл рядом с вами по дороге жизни...

Основой сюжета «Ями Шибаи» является японский фольклор, а именно — страшные истории, слухи и городские легенды. Более того, происходящее технически имитирует «камишибай» — традиционную технику рассказа историй с бумажными фигурками.