Юги Муто, школьник, увлекающийся настольными играми и головоломками, собирает древний египетский артефакт, известный как Тысячелетний пазл. После сборки он обнаруживает, что обретает доступ к альтернативной личности, которая проявляется в моменты угрозы или конфликта. Эта вторая личность, более решительная и агрессивная, берёт контроль над телом, чтобы противостоять противникам и решать проблемы, которые Юги не может преодолеть самостоятельно. Сюжет разворачивается вокруг серии дуэлей,