Некромант Дзакуро Курумаки прибывает в город ёкаев Сакурасин. Её цель - найти и вернуть свою давнюю подругу Рин Адзуму. Поиски приводят её к столкновению с местными обитателями и правилами этого мира. Дзакуро использует свои способности для достижения цели, что создаёт дополнительные сложности во взаимодействии с ёкаями. В процессе поисков Дзакуро сталкивается с сопротивлением со стороны некоторых жителей Сакурасина. Ей приходится учитывать местные обычаи и законы, чтобы не нарушить хрупкое

Противостояние между миром магии и Академией Сити усиливается. Тома Камидзё, обладающий способностью отрицать любые сверхъестественные силы, вынужден вступать в конфликты как с экстрасенсами, так и с магами. Его цель - защитить окружающих людей. В этом ему помогают как старые, так и новые союзники, которые присоединяются к борьбе. Некоторые персонажи действуют самостоятельно, другие - под руководством Томы. Сюжет второго сезона "Toaru Majutsu no Index II" разворачивается на фоне