После окончания войны с Ганделией наступают мирные дни. Однако спустя год Дэну [空操弾馬] начинают сниться кошмары о загадочной персоне по имени МагМелл. Помимо этого у Драго возникают проблемы с контролем своей силы после последней эволюции, из-за чего он призывает загадочного мектогана по имени Зентон. На беду в Бакуган Интерспейс появляются новые звёзды: Анубиас и Селлон, способные сбросить Дэна с позиции сильнейшего бойца Бакуган.

Трое братьев выясняют, что запрещённый эксперимент на людях, остановленный после уничтожения организации "Орочи", продолжает проводиться втайне. Целью этого эксперимента является возрождение злой змеи. В ходе расследования братья устанавливают, что за заговором стоят некоторые бывшие участники Ямаину — японского военного подразделения, которое ранее было создано для уничтожения змей. Выяснив причастность бывших членов Ямаину к возобновлению эксперимента, братья принимают решение

Сяои Ту — школьник из прибрежного китайского городка. Он ведет размеренный образ жизни, не проявляет интереса к учебе и проводит время за видеоиграми с другом. В один из дней его назначают председателем класса совместно с одноклассницей Чжэтянь Яо. Это событие становится отправной точкой для изменений в поведении персонажа. Сяои Ту начинает испытывать романтические чувства к Чжэтянь Яо. Под влиянием этого он предпринимает попытки изменить свой образ жизни и привычки. Основной мотивацией героя

Мисаки Ята и Сарухико Фусими — ученики одной школы, но их социальные позиции различаются. Ята обладает импульсивным и экспрессивным характером, из-за чего одноклассники избегают общения с ним. Фусими, напротив, проявляет флегматичность и пессимизм, он сам сознательно дистанцируется от коллектива. Между этими двумя персонажами нет общих интересов или точек соприкосновения. В ходе повествования выясняются обстоятельства, которые приводят к взаимодействию Яты и Фусими. Сюжет строится вокруг

Бэнио Ханамура, известная как "Хайкаре-сан", осталась без матери в детстве. Её воспитанием занимался отец, занимавший должность высокопоставленного чиновника в японской армии. В результате девушка сформировала поведение, далёкое от традиционных японских представлений о женственности. Она изучает кэндо, употребляет саке, предпочитает западную одежду вместо кимоно и посвящает свободное время литературе, а не домашнему хозяйству. Героиня отвергает брак по договорённости и отстаивает